En su término se han hallado hachas pulimentadas de la Edad del Bronce y un fragmento de estela funeraria de época romana. Dentro del mismo se localizan asentamientos arqueológicos en Santa Cruz* y Canal de Fonblanco. CJS.
Antigua villa de señorío realengo («Unsi», «Unse»), configuró durante el siglo XII una de las «tenencias» del reino, encomendada sucesivamente a los seniores Aznar Aznárez (1116), Martín de Lehet (1137-1143), Jimeno Almoravid (1171), Bartolomé de Rada (1191), Aznar Pardo (1195) y Gonzalo de Baztán (1197 , Jimeno de Rada (1205-1207 y 1217, Pedro Garcés (1210), Sancho Garcés (1210), e Iñigo de Oriz (1211). Sancho VII el Fuerte dispuso por «fuero» (1197) que el clavero local del rey y el del «tenente» o ricohombre fueran siempre vecinos de la villa; concedió luego a ésta garantías para el aprovechamiento tradicional de las aguas y los pastos de su término 1204) y, finalmente, actualizó 1206) la pecha anual cifrándola en 400 cahíces de trigo y otros tantos de cebada más 1.600 sueldos, que es precisamente lo devengado en 1280. Por concesión de Carlos II (1378) disfrutó sus rentas Roger Bernart de Foix, vizconde de Castellbó; Carlos III las asignó sucesivamente al alférez Carlos de Beaumont 1391) y Diego de Baquedano (1394. Aunque Juan II transfirió a Bernardo de Ezpeleta (1457) el señorío y la jurisdicción del lugar, éste volvió luego al patrimonio de la Corona. En atención a los daños sufridos, los vecinos obtuvieron (1480) la condonación de un tercio de sus pechas; antes habían renunciado a favor de Carlos III (1401) al patronato de la iglesia local, que posteriormente (1457) fue adscrita al priorato de Velate. El monasterio de Leire había adquirido heredades en el término a comienzos del siglo XI. JEH, AMD.
En 1513 San Martín de Unx se hallaba «en empeño» en poder del mariscal don Pedro de Navarra, pero en esa fecha el pueblo pagó la deuda que tenía con él y volvió a la corona, como realengo*; la corona recompensó al lugar eximiéndole de cuarteles* durante dieciséis años. Con todo, la relación de dependencia no se rompió del todo o se reanudó, porque en 1543 San Martín pagaba al mariscal de Navarra una pecha de doscientos robos de trigo, otros tantos de cebada y veinte flor¡nes en dinero.
En la iglesia de San Martín servían un abad, un vicario y seis beneficiados (ocho en 1847); los dos primeros eran de provisión del rey, y los beneficiados, del abad, el vicario o el monarca, según el mes en que se diera la vacante.
Mediado el siglo tenía ya dos escuelas: una de niños, a la que acudían noventa y cuyo maestro percibía 1.952 reales en trigo y 1.400 en dinero, y otra de niñas, frecuentada por cincuenta y cuya maestra cobraba 960 reales. Los caminos que conducían a Tafalla y Olite, como los demás, se encontraban en mal estado. Funcionaba un molino harinero.